Organização dos meios operacionais atuais

Atualmente as aeronaves da FAP estão integradas em Esquadras de Voo dependentes das bases aéreas. Em teoria cada esquadra baseia-se em 25, 12 ou 6 aparelhos do mesmo tipo, conforme é, respectivamente, uma esquadra de aeronaves ligeiras, de aeronaves médias ou de aeronaves pesadas. Na prática, esta quantidade varia bastante, dependendo do material disponível. As esquadras com mais aeronaves dividem-se em esquadrilhas de 4 a 8 aparelhos.

As esquadras recebem uma numeração de três algarismos, em que o primeiro indica a sua missão primária, do seguinte modo:
1 - instrução
2 - caça
3 - ataque
4 - reconhecimento
5 - transporte
6 - patrulha marítima
7 - busca e salvamento
8 - especial

O segundo algarismo indica o tipo de aeronave operado pela esquadra, do seguinte modo:
0 - asa fixa
1 - misto
5 - asa móvel

Atualmente os meios a disposição da FAP, encontran-se distribuidos pelas seguintes esquadras:

Esquadras de instrução, (BA11 em Beja):

101 "Os Roncos"

103 "Caracóis"

Esquadras de caça, (BA5 em Monte Real):

201 "Falcões"

Esquadras de ataque,  (BA5 em Monte Real):

301 "Jaguares"

Esquadras de transporte, (BA6 em Montijo e BA11 em Beja):

501 "Bisontes",

502 "Elefantes"

504 "Linces" ,

552 "Zangões"

Esquadras de patrulha marítima, (BA11 em Beja):

Esquadra 601 "Lobos"

Esquadras de busca e salvamento (BA6 em Montijo):

751 "Pumas"

                           Esquadras de função especial (BA1 em Sintra): 802 "Águias"